रासायनिक खेती से खेतों में स्थापित सूक्ष्मतंत्र नष्ट हो गया. इससे खेतों में कार्बनिक पदार्थ, सूक्ष्मजीवों की संख्या और लाभदायक जीव जैसे केंचुए आदि नष्ट हो गए. धीरे धीरे खेतों में कार्बन और नाइट्रोजन का अनुपात बिगड़ गया. तथा आवश्यक पोषक तत्वों की मात्रा में भी कमी आई.