ह्यूमन पेपिलोमा वायरस या एचपीवी के लक्षण इतनी जल्दी दिखाई नहीं देते। कुछ मस्से और कैंसर एचपीवी का कारण जरूर बन सकते हैं। कुछ प्रकार के एचपीवी के मुख्य लक्षण मस्सा हैं, खासतौर से जननांग मस्सा। ये आमतौर पर महिलाओं में योनि, गर्भाशय ग्रीवा व पुरूषों के लिंग और अंडकोश को प्रभावित करते हैं। ये गुदा के आसपास और कमर पर भी दिखाई दे सकते हैं। आकार में ये छोटे, सपाट, बड़े या फूलगोभी के आकार के हो सकते हैं। एचपीवी से जुड़े अन्य मसा में कॉमन वार्ट्स, प्लांटर और फ्लैट वार्ट्स शामिल है।

कॉमन वार्ट्स – यह खुरदुरे और उभरे हुए होते हैं, जो उंगलियों और कोहनी पर सबसे ज्यादा देखे जाते हैं।

प्लांटर वार्ट्स – यह मस्से कठोर और दानेदार होते हैं, जो अक्सर एडिय़ों पर दिखाई देते हैं।

 
फ्लैट वार्ट्स – इस तरह के मस्से आमतौर पर बच्चों, किशोरों, युवाओं और व्यस्कों को प्रभावित करते हैं। ये फ्लैट और उभरे हुए घावों के रूप में दिखाई देते हैं और सामान्य त्वचा के रंग की तुलना में थोड़े गहरे होते हैं। यह चेहरे, गर्दन या खरोंच वाले क्षेत्र में ज्यादा पाए जाते हैं।

वहीं अन्य प्रकार के एचपीवी कैंसर के विकास के जोखिम को बढ़ा सकते हैं। इन कैंसर में गर्भाशय ग्रीवा, योनि, लिंग, गुदा शामिल हैं। इन तरह के कैंसर को विकसित होने में सालों लग जाते हैं, इसलिए ये लक्षण बहुत जल्दी दिखाई नहीं देते।